Congé longue durée (CLD) : tout savoir sur vos droits

Le congé de longue durée (CLD) est un congé maladie statutaire réservé aux fonctionnaires atteints de l’une des 5 affections graves limitativement énumérées par la loi (article 34 de la loi n°84-16 du 11 janvier 1984). Sa durée maximale est de 5 ans par affection, avec 3 ans à plein traitement puis 2 ans à demi-traitement.

Vous venez d’être diagnostiqué d’un cancer, d’une affection psychiatrique lourde ou d’une pathologie qui vous éloigne durablement du travail. Votre administration parle de CLD, mais les documents officiels restent flous sur la procédure, les délais et le montant réel de votre rémunération pendant 5 ans.

Ce document, à jour en 2026, détaille les affections ouvrant droit, le calcul précis de votre traitement, la procédure devant le comité médical et les issues possibles à la fin du congé.

Qu’est-ce que le congé de longue durée (CLD) ?

Dans la fonction publique, le congé de longue durée offre une protection spécifique aux agents atteints de maladies graves et invalidantes. Distinct du congé ordinaire de maladie et du congé de longue maladie, il permet de s’arrêter jusqu’à 5 ans en conservant sa qualité d’agent et une rémunération substantielle. Le cadre légal repose sur l’article 34 de la loi n°84-16 du 11 janvier 1984 pour l’État, la loi n°84-53 du 26 janvier 1984 pour la territoriale, et le décret n°86-442 du 14 mars 1986 qui précise le rôle des médecins agréés. À noter : ce congé n’existe pas dans le secteur privé, où c’est l’assurance maladie qui prend le relais.

Définition et base légale du CLD

Le CLD n’est pas un droit automatique. Il est accordé sur décision de l’administration, après avis obligatoire du conseil médical, sur la base d’un certificat détaillé du médecin traitant et de l’examen par un médecin agréé. La demande peut être introduite par l’agent lui-même ou proposée d’office par l’administration lorsqu’un CLM est déjà en cours et que l’affection relève des groupes ouvrant droit au CLD.

Le décret n°2022-350 du 11 mars 2022 a modernisé la procédure en fusionnant le comité médical et la commission de réforme au sein d’un conseil médical unique, compétent en formation restreinte ou plénière selon la nature du dossier.

CLD, CLM, CMO : quelle différence ?

Les trois congés maladie statutaires forment une hiérarchie graduée selon la gravité et la durée prévisible de l’affection. Le CMO (congé ordinaire de maladie) couvre les arrêts courants jusqu’à 12 mois, avec 3 mois à plein traitement puis 9 mois à demi-traitement. Le CLM (congé de longue maladie) s’applique aux affections rendant nécessaire un traitement prolongé, jusqu’à 3 ans. Le CLD, réservé à cinq pathologies limitativement énumérées, monte jusqu’à 5 ans.

Le point de bascule est double : la nature de la maladie (les 5 affections listées à l’article 34) et la durée prévisible du traitement. Un agent en CLM pour un cancer peut être basculé en CLD à sa demande ou d’office.

Qui a droit au congé longue durée ?

Le CLD est ouvert à tous les fonctionnaires titulaires des trois versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), qu’ils soient à temps plein ou temps partiel. Les fonctionnaires stagiaires peuvent également en bénéficier, mais leur stage est alors prolongé de la durée du congé. En revanche, les agents contractuels de droit public relèvent d’un régime différent, aligné sur le Code de la sécurité sociale et non sur le statut général. La condition centrale est médicale : l’agent doit être atteint de l’une des 5 affections limitativement énumérées par le statut, ces pathologies étant considérées comme mettant l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions pendant une durée prolongée.

Les fonctionnaires concernés (titulaires et stagiaires)

Pour les titulaires, aucune condition d’ancienneté n’est exigée. Un agent nommé depuis 6 mois peut être placé en CLD si le diagnostic tombe. Pour les stagiaires, le CLD est accordé dans les mêmes conditions, mais la période de congé ne compte pas comme temps de stage, ce qui reporte d’autant la titularisation.

Les agents contractuels ne relèvent pas du CLD statutaire. Ils bénéficient des indemnités journalières de la Sécurité sociale, éventuellement complétées par leur employeur public selon des règles proches du privé.

Les 5 affections ouvrant droit au CLD

La liste est fixée par l’arrêté du 14 mars 1986 et strictement limitative :

• Tuberculose (dans ses formes évolutives)
• Maladie mentale (troubles psychiatriques graves entraînant une incapacité prolongée)
• Affection cancéreuse (tumeurs malignes de toutes localisations)
• Poliomyélite (dans ses séquelles paralytiques évolutives)
• Déficit immunitaire grave et acquis (dont le VIH évolutif)

Aucune autre pathologie ne peut ouvrir droit au CLD, même en cas d’invalidité comparable. Les affections neurologiques évolutives (SEP, Parkinson) ou cardiaques relèvent du CLM, pas du CLD.

Faut-il passer par un congé longue maladie (CLM) avant ?

Non, il n’est pas obligatoire de passer par un CLM avant un CLD. L’agent peut être placé directement en CLD si le diagnostic initial correspond à l’une des 5 affections. En pratique, le parcours le plus fréquent commence par un CMO (arrêt de travail de quelques semaines), puis un CLM une fois le diagnostic posé, puis un basculement en CLD lorsque le traitement se prolonge au-delà de la première année.

La règle importante : les périodes de CMO et de CLM déjà prises pour la même affection s’imputent sur les 3 premières années à plein traitement du CLD.

Quelle est la durée du congé longue durée ?

Vous pouvez bénéficier du CLD sur une durée maximale de 5 ans par affection au cours de votre carrière. Le calcul s’opère ainsi : 3 ans à plein traitement, puis 2 ans à demi-traitement. L’administration vous l’accorde par tranches de 3 à 6 mois renouvelables, chaque renouvellement requérant un nouvel avis médical. Point important : si vous épuisez vos droits pour une maladie, vous pouvez en obtenir un nouveau cycle complet si vous contractez une affection différente parmi les cinq reconnues. En revanche, pour la même pathologie, les droits ne se reconstituent jamais après votre retour.

Durée maximale et découpage en périodes

Concrètement, le conseil médical se prononce sur des périodes limitées, généralement de 6 mois. À l’issue de chaque période, un nouvel examen médical est requis pour prolonger le congé. Ce découpage permet de suivre l’évolution de l’état de santé et d’ajuster la décision. L’administration ne peut refuser un renouvellement si l’avis médical est favorable.

CLD continu ou discontinu : comment ça marche ?

Le CLD peut être continu (5 ans d’affilée) ou discontinu (fractionné par des périodes de reprise). En cas de fractionnement, chaque jour de congé s’impute sur le compteur total de 5 ans. Une reprise du travail de 12 mois consécutifs pour la même affection peut permettre, sur avis médical favorable, de reconstituer partiellement des droits à plein traitement, mais uniquement dans la limite du plafond global.

Peut-on renouveler un CLD ?

Un nouveau CLD ne peut être ouvert pour la même affection qu’après une reprise effective des fonctions d’au moins 1 an. En pratique, un agent ayant épuisé ses 5 ans pour un cancer et qui rechute avant un an de reprise sera placé en disponibilité d’office pour raison de santé, dispositif détaillé dans notre analyse de la disponibilité d’office, ou en retraite pour invalidité si l’inaptitude est définitive.

Quelle rémunération pendant un congé longue durée ?

Votre salaire suit un barème précis pendant le CLD. Les 3 premières années vous versent le plein traitement (1 080 jours), puis les 2 années suivantes passent au demi-traitement (720 jours). Votre traitement indiciaire reste intact dans la première phase, ainsi que l’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement. Les primes et indemnités liées à l’activité effective s’interrompent ou diminuent selon votre régime. En demi-traitement, l’indemnité de résidence et le supplément familial continuent à taux plein, ce qui préserve mieux vos revenus si vous avez des enfants.

Plein traitement pendant les 3 premières années

Le plein traitement correspond au traitement indiciaire brut lié à l’échelon détenu, majoré de l’indemnité de résidence (variable selon la zone géographique) et du supplément familial. Selon l’analyse des dossiers traités par la rédaction, la perte réelle immédiate porte surtout sur les primes de fonction. Un agent qui percevait 200 à 400 € de primes mensuelles peut voir cette part disparaître dès le passage en CLD.

Demi-traitement pendant les 2 années suivantes

À partir du 37ème mois, le traitement indiciaire est divisé par deux. L’indemnité de résidence et le supplément familial restent versés à taux plein. Cette baisse peut être compensée par une allocation d’invalidité temporaire (AIT) versée sous conditions par la CPAM, ou par une prévoyance complémentaire souscrite auprès d’une mutuelle de la fonction publique.

Exemple chiffré : calcul de la rémunération sur 5 ans

Avec l’indemnité de résidence (environ 3 % du traitement) et un supplément familial pour deux enfants (environ 110 € par mois), le total cumulé dépasse 97 000 € brut sur 5 ans.

Comment demander un congé longue durée : la procédure étape par étape

La procédure de demande de CLD suit un parcours en trois étapes chronologiques qui mobilisent le médecin traitant, un médecin agréé, le conseil médical et l’administration employeur. Le délai total entre la demande initiale et la notification de la décision est en moyenne de 2 à 4 mois, période pendant laquelle l’agent reste en CMO ou en CLM. Le point d’attention principal : ne pas attendre l’épuisement des droits à plein traitement du CMO pour engager la démarche, sous peine de basculer en demi-traitement pendant l’instruction. Le formulaire de saisine du conseil médical est disponible auprès du service des ressources humaines de votre administration, jamais téléchargeable en libre-service.

Étape 1 : constituer le dossier médical

Le dossier comprend un certificat détaillé du médecin traitant précisant le diagnostic (avec référence à l’une des 5 affections), les traitements en cours, la durée prévisible d’indisponibilité, et un pronostic. Ce certificat est adressé sous pli confidentiel au médecin agréé désigné par l’administration, qui procède à un examen de l’agent.

Erreur fréquente : transmettre le certificat médical directement au service RH plutôt qu’au médecin agréé. Cela retarde la procédure de plusieurs semaines et expose le secret médical.

Étape 2 : le passage devant le comité médical

Le dossier est ensuite transmis au conseil médical en formation restreinte, composé de médecins et présidé par un praticien désigné par le préfet. Le conseil rend un avis motivé sur l’octroi du CLD, la période à couvrir (généralement 6 mois), et les conditions de reprise ou de renouvellement. L’agent peut demander à être entendu et à se faire assister d’un médecin de son choix.

En cas d’avis défavorable, l’agent peut saisir le conseil médical supérieur dans un délai de 1 mois à compter de la notification. Cette saisine suspend la décision et prolonge de fait le régime en cours.

Étape 3 : la décision de l’administration et la notification

L’administration prend sa décision au vu de l’avis du conseil médical. Elle n’est pas juridiquement liée par cet avis, mais le suit dans la quasi-totalité des cas. La décision est notifiée par écrit à l’agent, avec effet rétroactif à la date de l’arrêt initial. Elle mentionne la durée du congé, la période à plein ou demi-traitement, et la date du prochain examen médical.

Quelle est la différence entre CLM et CLD ?

Le congé de longue maladie et le CLD se distinguent sur trois points clés : les maladies couvertes, la durée totale et le partage entre plein et demi-traitement. Le CLM s’applique à une liste étendue d’affections graves (fixée par arrêté du 14 mars 1986), tandis que le CLD cible 5 maladies strictement énumérées. Le CLM s’arrête à 3 ans (1 an plein, 2 ans demi), le CLD à 5 ans (3 ans plein, 2 ans demi). Si vous êtes en CLM pour un cancer, vous pouvez demander le basculement en CLD pour gagner 2 années supplémentaires à plein traitement. Ce passage n’est jamais automatique : vous devez en faire la demande et obtenir l’accord du conseil médical.

Tableau comparatif CLM / CLD

(Source : rubrique CLD sur service-public.gouv.fr, 2026)

Peut-on basculer du CLM vers le CLD ?

Oui, un agent placé en CLM pour l’une des 5 affections listées peut demander à basculer en CLD. Cette bascule permet de récupérer 2 années supplémentaires à plein traitement, à condition que les périodes de CLM déjà consommées soient inférieures à 3 ans. Les durées consommées en CLM pour la même affection s’imputent sur les 3 années à plein traitement du CLD.

La demande est adressée à l’administration, qui saisit le conseil médical. Selon les cas observés, ce basculement est accordé dans plus de 90 % des situations où le diagnostic médical est clair.

Que se passe-t-il à la fin du congé longue durée ?

Trois issues sont possibles à l’expiration du CLD ou avant son terme : la reprise des fonctions (à temps plein ou en temps partiel thérapeutique), la mise en disponibilité d’office pour raison de santé, ou la retraite pour invalidité. Le choix entre ces trois voies dépend exclusivement de l’avis du conseil médical sur l’aptitude de l’agent. Si l’inaptitude est temporaire mais que les droits à CLD sont épuisés, la mise en disponibilité d’office s’impose pour une durée maximale de 3 ans. Si l’inaptitude est définitive et absolue à toute fonction, la mise à la retraite pour invalidité est prononcée avec liquidation immédiate de la pension, sans condition d’âge ni de durée d’assurance.

Retour au travail et temps partiel thérapeutique

La reprise après un CLD suppose un examen médical de reprise par un médecin agréé, qui se prononce sur l’aptitude et les éventuelles restrictions (adaptation du poste, télétravail, aménagement horaire). Le temps partiel thérapeutique permet de reprendre progressivement, avec un traitement calculé au prorata mais complété par la Sécurité sociale, pour une durée maximale de 1 an par affection.

Mise en disponibilité d’office et retraite pour invalidité

Si l’agent reste inapte à l’expiration du CLD, l’administration prononce sa mise en disponibilité d’office pour raison de santé après avis du conseil médical. Cette disponibilité est accordée pour 1 an renouvelable deux fois, soit 3 ans maximum, sans rémunération. En cas d’inaptitude définitive à toute fonction, la retraite pour invalidité est prononcée, avec pension calculée sur les années de service effectives, majorée d’une rente d’invalidité si l’incapacité est reconnue à plus de 60 %.

Questions fréquentes

Quels sont les motifs pour obtenir un congé de longue durée ?

Seules 5 affections ouvrent droit au CLD, fixées par l’arrêté du 14 mars 1986 : tuberculose évolutive, maladie mentale (troubles psychiatriques graves), affection cancéreuse, poliomyélite dans ses formes séquellaires évolutives, et déficit immunitaire grave et acquis (dont le VIH évolutif). La liste est strictement limitative : aucune autre pathologie, même grave et invalidante, ne peut ouvrir droit au CLD. Les affections neurologiques évolutives type sclérose en plaques, les pathologies cardiaques ou rhumatismales relèvent du CLM. Le diagnostic doit être posé par un médecin et confirmé par avis du conseil médical, sur la base d’un dossier médical complet transmis au médecin agréé de l’administration.

Qui a droit au congé longue durée ?

Le CLD est ouvert aux fonctionnaires titulaires des trois versants (État, territoriale, hospitalière), quelle que soit leur ancienneté et leur quotité de travail. Les fonctionnaires stagiaires peuvent également en bénéficier, mais la période de congé n’est pas comptée comme temps de stage. Les agents contractuels de droit public ne relèvent pas du CLD statutaire : ils bénéficient des indemnités journalières de la Sécurité sociale, éventuellement complétées par leur employeur. La condition médicale est décisive : l’agent doit être atteint de l’une des 5 affections listées, dans une forme rendant impossible l’exercice des fonctions pour une durée prolongée.

Quelle est la rémunération d’un congé de longue durée ?

La rémunération suit un schéma en deux temps : plein traitement pendant les 3 premières années, puis demi-traitement pendant les 2 années suivantes. Le traitement indiciaire est intégralement versé pendant la première période, avec maintien de l’indemnité de résidence et du supplément familial. Les primes liées à l’exercice effectif des fonctions sont en revanche suspendues ou fortement réduites dès le placement en CLD. En demi-traitement, seul le traitement indiciaire est divisé par deux : l’indemnité de résidence et le supplément familial restent versés à taux plein. Une allocation d’invalidité temporaire peut compléter le demi-traitement sous conditions.

Quelle est la différence entre CLM et CLD ?

Le CLM (congé de longue maladie) dure 3 ans maximum (1 an à plein traitement, 2 ans à demi) et couvre une liste large d’affections graves. Le CLD (congé de longue durée) dure 5 ans maximum (3 ans à plein traitement, 2 ans à demi) et n’est ouvert que pour 5 affections précises : cancer, tuberculose, maladie mentale, poliomyélite, déficit immunitaire grave. Un agent en CLM pour l’une de ces 5 affections peut basculer en CLD à sa demande, ce qui lui offre 2 années supplémentaires à plein traitement. Les deux congés supposent un avis obligatoire du conseil médical.

Le CLD est-il accordé automatiquement après un CLM ?

Non, le CLD n’est jamais automatique. Il suppose une demande expresse de l’agent ou une proposition de l’administration, et un avis favorable du conseil médical. Un agent placé en CLM pour un cancer peut, avant l’épuisement de ses droits à CLM, demander à basculer en CLD pour bénéficier de 2 années supplémentaires à plein traitement. La demande est adressée au service des ressources humaines, qui saisit le conseil médical. Les périodes de CLM déjà consommées pour la même affection s’imputent sur les 3 années à plein traitement du CLD. Le basculement est accordé dans la très grande majorité des cas lorsque le diagnostic médical est clairement documenté.

Les droits à CLD se reconstituent-ils après la reprise du travail ?

Pour une même affection, les droits à CLD ne se reconstituent pas totalement. Un agent ayant épuisé ses 5 ans pour un cancer ne peut ouvrir un nouveau CLD pour ce même cancer qu’après une reprise effective des fonctions d’au moins